Ndotja e ushqimit mund të ndodhë në çdo kohë gjatë prodhimit: rritja, korrja, përpunimi, ruajtja, dërgimi ose përgatitja e ushqimit.
Transferimi i organizmave të dëmshëm nga njëra sipërfaqe në tjetrën shpesh është shkak i helmimit me ushqim. Kjo është veçanërisht problematike për përbërësit e ushqimit të papërpunuar, të tilla si sallatat ose produkte të tjera.
Campylobacter, (2-5 ditë), mishi, bagëtia, qumështi ose uji (kontaminimi nga mbetjet e kafshëve gjatë përpunimit) Clostridium botulinum, (12-72 orë) peshk i tymosur, patate të pjekura (ushqime të ruajtura jo mirë në temperaturë dhome për një kohë të gjatë)
Clostridium perfringens, (8-15 orë) mish dhe gjella (qëndrojnë më shumë jashtë frigoriferit ose ftohe më ngadalë) Escherichia coli, (1-8 ditë) mishi, qumështi dhe uji (kontaminohen nga mbetjet, duart e pista ose enët)
Giardia intestinalis, (1-2 javë) ushqim dhe ujë (kontaminohet me duar të pista) Hepatiti A, (28 ditë) ushqim i papërpunuar, ushqime deti, ujë (kontaminohet me duar të pista)
Listeria, (9-48 orë) salsiçe, mish, qumësht, djathë, produkte të papërpunuara (ujë të ndotur ose tokë) Norovirus dhe Rotavirus, (1-3 ditë) ushqime të papërpunuara, përbërës të ushqimit dhe guaskave (kontaminohen me duar të pista)
Salmonella, (1-3 ditë) mish i papërpunuar, shpezë, qumësht, vezë e verdhë (gatim i papërshtatshëm dhe përpunim termik, kontaminimi bartet me thikë, sipërfaqe pune, dërrasa për prerje, duar të pista).
